Im Mittelalter war Schleswig-Holstein wie ganz Europa katholisch geprägt. Die Reformation wirkte sich jedoch auch auf Schleswig-Holstein aus. Und so ist das heutige Bundesland überwiegend protestantisch geprägt.
Evangelisch-Lutherische Kirche und andere evangelische Kirchen
Gemäß der Volkszählung von 2011 sind etwa 1,5 Millionen Schleswig-Holsteiner Mitglieder der Evangelischen Kirche. Seit der Reformation war das Gebiet Schleswig-Holsteins in verschiedene Kirchenverwaltungen aufgeteilt. Darunter waren die Evangelisch-Lutherische Kirche in Lübeck, die Evangelisch-Lutherische Landeskirche Schleswig-Holstein und die kleine Evangelisch-Lutherische Landeskirche Eutin. Sie wurden 1977 zusammen mit der Evangelisch-Lutherischen Kirche im Hamburgischen Staate zur Nordelbischen Evangelisch-Lutherischen Kirche vereinigt.
Im Mai 2012 schließlich wurden diese Landeskirchen zusammen mit anderen zur Evangelisch-Lutherischen Kirche in Norddeutschland vereinigt. Der Sitz der Kirchenverwaltung ist in Kiel.
Die kleine Selbstständige Evangelisch-Lutherische Kirche hat einen Kirchenbezirk mit Sitz in Bad Schwartau und einige Pfarrbezirke im Land.
Außerdem gibt es in Schleswig-Holstein etwa 30 Gemeinden mit über 6000 Mitgliedern der Dänischen Kirche in Südschleswig. Sie ist die evangelische Kirche der dänischsprachigen Südschleswiger.
Seit 2017 wird der Reformationstag in Schleswig-Holstein als landesweit gültiger Feiertag begangen.
Katholische Kirche
Nach der Reformation gab es nur noch sehr wenige Katholiken in Schleswig-Holstein. Im Lauf der Jahrhunderte wanderten mehr und mehr Katholiken nach Schleswig-Holstein ein. Im Jahr 2011 bekannten sich circa 175000 Menschen in Schleswig-Holstein zur Katholischen Kirche. Sie gehören zum Erzbistum Hamburg. Bis 2016 gab es in Schleswig-Holstein sieben Dekanate der Katholischen Kirche.
andere Religionen
In Schleswig-Holstein gibt es wie in ganz Deutschland auch verschiedene evangelische Freikirchen. Dazu gehört zum Beispiel die Evangelisch-Reformierte Kirche mit einer Gemeinde in Lübeck. Seit dem 17. Jahrhundert gibt es in Friedrichstadt in Nordfriesland eine Gemeinde der Remonstranten, einer kleinen protestantischen Glaubensgemeinschaft mit Ursprung in den Niederlanden. Herzog Friedrich III. gestattete Glaubensflüchtlngen aus den Niederlanden, sich hier niederzulassen. Sie gründeten die Stadt Friedrichstadt. Bis heute besteht so die einzige remonstrantische Gemeinde außerhalb der Niederlande.
Daneben gibt es im Land noch Angehörige der Baptisten, Methodisten, Mennoniten, der Heilsarmee, der Siebenten-Tags-Adventisten, der Pfingstler, der Neuapostoischen Kirche, der Zeugen Jehovas und anderer.
In Schleswig-Holstein gibt es circa 2000 Mitglieder einer der beiden jüdischen Kultusgemeinden.
Durch die wachsende Zahl von Einwanderern aus muslimisch geprägten Ländern gibt es auch viele Muslime im Bundesland.
Fast die Hälfte der Bürger in Schleswig-Holstein (46%) gehören keiner Religionsgemeinschaft an. Und auch unter den religiös gebundenen beteiligt sich nur ein kleiner Teil aktiv am religiösen Leben. Zum Beispiel besuchen von den Katholiken nur etwa 8% wöchentlich die Messe.
Laut der Website der Landesregierung bietet sie den Schülern im Land Religionsunterricht in Evangelischer Religion, Katholischer Religion und Philosophie an.